L'E.I.D. a pour vocation de lutter contre la prolifération des moustiques. Elle est, dans un premier temps, chargée de faire une expertise pour identifier les lieux de développement et met ensuite en place les méthodes nécessaires à la régulation des populations nuisantes.

Mais l'E.I.D. va plus loin : en effet, le boisement spontané des zones inondables rend indispensable la création d'accès permanents par déboisement, débroussaillement et fauche pour faciliter les traitements. Ces nouvelles techniques sont développées en étroite collaboration avec la communauté scientifique.

Du fait de son savoir faire en matière d'entretien des zones humides, l'Entente a su devenir un organisme gestionnaire d'espaces naturels sensibles dont la compétence est reconnue par les collectivités locales et les conservatoires de milieux naturels.